L'aéroport de Bilbao est desservi par un seul terminal, spacieux et très bien aménagé. Les distances sont faibles et il ne faut pas marcher plus de 150 mètres entre l'entrée du terminal et l'avion.

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Le rez-de-chaussée est réservé aux arrivées, tandis que le premier étage abrite les comptoirs d'enregistrement et le seul point de contrôle de sécurité.

La zone de transit est partagée par tous les vols. Le contrôle des passeports, au-delà duquel se trouvent les portes d'embarquement pour les vols non-Schengen, est situé après le contrôle de sécurité, près de la porte B15.

Un plan interactif de tous les terminaux est disponible sur le site officiel de l'aéroport : www.aena.es/en