L'aéroport de Malmö dispose d'un petit terminal. L'orientation est très simple.
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Le terminal n'a qu'un étage. La partie gauche est le bureau d'enregistrement des arrivées, tandis que la partie droite est le bureau d'enregistrement des départs.
Un seul point de contrôle de sécurité permet d'accéder à une zone de transit commune à tous les vols. Tout au bout de l'aérogare se trouve le contrôle des passeports pour les vols non-Schengen, qui ne partent que des portes d'embarquement G7 à G33.
Un plan téléchargeable de l'aéroport et des plans détaillés de chaque terminal sont disponibles sur cette page : swedavia.com/malmo.